El Club Baloncesto La Flecha fue fundado en el año 2001 con el nombre de Club Baloncesto La Flecha Milpiés, con la intención de crear un club sólido pero desde la base.

El club se fundó con 3 categorías Benjamín, Alevín y Senior, completando su mejor campaña el año 2004/2005 con la consecución del campeonato liga juvenil femenina y el ascenso a 1ª División Nacional. 

En la temporada 2005/2006 el club paso a llamarse Club Deportivo Baloncesto La Flecha, hasta el día de hoy . En los años siguientes repite éxitos con el equipo junior femenino (temporada 2004-2005, 2005-2006, 2006-2007). En la temporada 2014/2015 el equipo de Primera Nacional consiguió el ascenso a liga EBA.