En Tercera Regional, temporada 1967-1968. Disputa su primera temporada como equipo federado la Agrupación Deportiva Colmenar. Antonio Saiz fue su primer presidente. Formaron el resto de directiva: Bernardo Matellano, Santiago Junquer, Miquel A. García, Nicolás Hernando, Francisco Vicente, Lorenzo Santos, Eugenia Ávila y Fernando Maribela.

Primer ascenso del equipo a Segunda Regional en la temporada 1970-1971. Posteriores ascensos a Primera Regional (1975-76) y a Primera Regional Preferente (1976-77).

Dos descensos consecutivos hacen que el equipo dispute la temporada 1980-1981 en Segunda Regional. Con JJ Chumbi de entrenador, dos ascensos consecutivos devuelven al equipo a Primera Regional Preferente. En 1987-88 debuta en 3ª División Nacional.

Tras cuatro temporadas consecutivas en Tercera División, el equipo pierde la categoría en 1990-1991. Vuelve a Tercera en 1992-93, nuevo descenso, y definitivamente milita en Tercera División desde la temporada 1994-1995 hasta la de 1999-2000.

La Agrupación abandona el histórico campo de Los Rehuedos La Corredera y se traslada definitivamente al moderno Municipal Alberto Ruiz. En 2003-04 se crea la Escuela de Fútbol AD Colmenar Viejo. En 2006-07 se inaugura oficialmente el Campo Alberto Ruiz.

Años de consolidación en Tercera División hasta 2014-15. En 2016-17, bajo la presidencia de Alberto Sanz / Juan Carlos Royo y con Pedro Pablo Díaz como entrenador, el equipo logra el campeonato de Preferente y asciende a Tercera División. Temporada 2017-18 en Tercera con posterior descenso.

Bajo la presidencia de Juan Fernando Povedano, el club afronta una etapa de reconstrucción. En 2024-25, con Chema Hidalgo al frente del primer equipo, el equipo compite en la Primera División Autonómica Aficionado, consolidando una estructura deportiva con más de 20 equipos en todas las categorías.